Durante el período 2002-2006 se publicaron 138 artículos de investigación en revistas de prestigio internacional. Se graduaron 48 estudiantes de maestría y 14 de Doctorado. A partir de 2005 se consolidan las Solomon Lefschetz Memorial Lecture Series en honor del Prof. Solomon Lefschetz. El evento ocurre cada otoño y es dictado por un matemático de gran prestigio internacional. En el 2005 se establecen las José Adem Memorial Lecture Series en honor del Prof. José Adem, conferencias anuales que son dictadas por investigadores jóvenes en matemáticas que cuentan con reconocimiento internacional. Desde el 2006 en colaboración con la National Academy of Sciences de los EE.UU. se organizan las NAS-Cinvestav Lectures que consisten en una serie de conferencias dictadas anualmente por tres distinguidos matemáticos americanos.
En el 2006 se creó la sede del Departamento en la unidad Querétaro del Cinvestav. Actualmente la sede de Querétaro cuenta con 4 investigadores y 10 estudiantes. En el 2010 se graduaron los dos primeros estudiantes de maestría y en el 2011 se está preparando para graduarse el primer estudiante de doctorado de dicha sede.
A partir del 2005 hay un crecimiento sostenido en el número de estudiantes de maestría y doctorado así como en la contratación de nuevos investigadores.
A partir del 2006 el Departamento genera de manera significativa Fondos Propios.
A partir del 2004 se contrataron a 15 investigadores nuevos. Se graduaron 65 estudiantes de maestría y 23 de doctorado.
En el 2008 se otorgó la Presea Lázaro Cárdenas al Dr. Onésimo Hernández-Lerma así como el Premio Scopus al Dr. Elías Micha. En el 2009 el Dr. Onésimo Hernández-Lerma obtuvo el Premio Thomson Reuters y el Dr. Ernesto Lupercio el Premio S. Ramanujan. Del 2010 al 2012 el Dr. Isidoro Gitler funge como Presidente de la Sociedad Matemática Mexicana.
Presea Lázaro Cárdenas 2008
Dr. Onésimo Hernández-Lerma
Para el 2011, la planta académica la formaron 28 investigadores (27 titulares y 1 cátedra Conacyt). Hasta el 2011 se tenían 277 grados de maestría y 80 de doctorado. Los programas de maestría y doctorado son de los mejores en Latinoamérica y de los pocos con Nivel Internacional en el Padrón Nacional de Posgrados de Calidad del CONACYT (Competencia Internacional).
Premio S. Ramanujan 2009
Dr. Ernesto Lupercio